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边境牧羊犬是一种健康的犬种，然而，像所有动物一样，边牧也有一些隐性的疾病。当前在边境牧羊犬这一犬种中基本的基因疾病如下：

HIP DYSPLASIA 英文简写为 HD（也叫做 HIP JOINT DYSPLASIA， 英文简写 HIP。中文：髋关节疾病）

HD 是对边境牧羊犬影响最普遍的基因疾病。随着HD病情的发展将最终导致髋关节坏死。髋关节损坏称为骨关节炎，也被称为关节变性病（DJD）， 它被证明在经重力和激烈性运动，其临床表现症状为髋关节结合出软骨病，骨质疏松和骨骼异常生长。DJD实际上，可以被确认的结果便是直接导致HD。最权威的诊断HD的方法仍然是用X 光透视后腿延长部分。比如象动物整形外科协会（OFA）。OFA 报告称从1974-2000年诊断的边境牧羊犬中有12。6%经受此种疾病折磨。HD这种疾病的影响范围在所有犬种疾病中排在中间位置。OFA的报告结果受兽医和饲养者的影响，报告结果的百分比数被大大减低了。因此，实际上这种疾病的影响范围可能非常之高，基本是OFA报告数字的1倍以上，即平均，1/4 的边境牧羊犬具有这种疾病。