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花罗汉鱼属于杂交鱼种，雌雄异体，而且都长着看似一样的身躯、体色、形态，所以要区分罗汉鱼的雌雄也不是一件容易的事。以往的分辨方式，主要是看花罗汉鱼上鳍的黑斑。然而这种方法是针对早期的花罗汉鱼，其准确度较高。所以在罗汉鱼其它的成长阶段需要使用其它的区分方法。

在10公分左右的一群小罗汉中，体形较小的，身体经常保持有黑道，且对附近的罗汉特别凶猛，好像在找一个立足位置，这条鱼基本是雌鱼。反之则是雄性罗汉鱼。

对于中型罗汉鱼，还可以观察其腹鳍、鱼胸线的不同来区分鱼儿的雌雄。由于，雌性罗汉鱼繁殖时须以腹鳍摇动提供氧气，防止细菌侵入及用来扫除杂物。所以如用手触摸它的腹鳍，较软的为雌性，较硬则为雄性。对于鱼胸线来说，雄鱼腹部鱼胸线较尖，且下颚处像是多了一块很发达的肉块，而雌鱼腹部鱼胸线则较圆居多。

区分花罗汉鱼最准确的方法，是观察其生殖器官。当然，这种方法要当花罗汉生长到15公分左右才能观察到。准确的来说，尖小呈现“V”型的是雄性花罗汉鱼，宽大呈现“U”型的是雌性花罗汉鱼。