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灯鱼发光的原因是色素沉淀，学术上称＂鸟粪嘌昤晶体″，这些晶体累积在灯鱼的真皮层，藉由灯光的照射而反射，所以看起来灯鱼总是亮亮的，且由不同的角度观看，因为光线折射的不同会有些许的变化。

另有一说认为是表皮寄生细菌所造成的反光，这比种情形比较常出现在深海鱼类，灯鱼应该不是这样，不过在实际的状况下却有一个很特别的例子，就是黄金灯,黄金灯体表底色偏金，身上带有一点点的银色小斑点，已经可以人工繁殖，不过听闻繁殖出来的品种身上只有带点黄金色，长大后甚至完全消失，整条鱼就有点像是透明的样子，所以有学者认为，黄金灯身上的＂黄金″是所谓的发光细菌所附着，跟一般灯鱼发亮的原因来自于皮下的＂鸟粪嘌昤晶体″不太一样。

在人工饲养的环境因为没有办法提供在原产地的水质，所以这些发光细菌会逐渐消失，在灯鱼中这是相当特别的现象。