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近年来，因人为滥捕及环境污染的影响，海域生态遭到破坏，根据潜水人员的观察，发现东部沿岸海域与海葵共生，色泽鲜艳的小丑鱼数量锐减，主要原因是观赏鱼市场的需要量大增，人为捕捉增加所致。农委会水产试验所有鉴于此，投入人力积极推动相关研究，目前已成功繁殖鞍斑小丑鱼及粉红小丑鱼。因繁殖的小丑鱼比野生者更能适应人为的环境与食物，将其供应观赏鱼市场，相信可大大减少天然海域小丑鱼被捞捕的危机，可为生态保育尽一份心力。

以粉红小丑鱼为例，它一个月可产卵二次，如果环境条件合适的话，更可以终年不间断地产卵，每次产卵量约在300至600百粒。受精卵在水温26~27℃下，约七天后会孵化，如果水温提高至29~30℃，约六天小鱼就可孵出。在受精卵孵化的期间中，雌雄亲鱼会轮流守护，并不时用胸鳍搧动水流，使溶氧量充足；同时会用嘴啄除已经白化死掉的卵粒，使卵不受细菌感染；不论是白天，或是夜晚，这个动作都是持续在进行，而且是一直到小鱼孵出为止，小丑鱼这种「护子心切」的行为，在鱼类世界中是相当罕见的。如果要以人工方式来孵卵，则需用小型沉水马达抽水来搧动水流，才能使受精卵顺利孵化。依据观察，在预估子鱼即将孵出的当天，约在天色完全黑暗后10分钟，小鱼开始孵出，约一个小时内，所有受精卵会完全孵化。在此孵出的期间，若中途将灯光打开，孵化会被迫中止，其后再将灯光熄灭，孵化又会继续进行。利用此一特性，以灯光调控的方式可使子鱼延迟或提早孵出。受精卵必须在黑暗中才能顺利孵化，一有光线就无法产出子鱼，所以小鱼必须在夜间孵化。在夜间孵出的小鱼，在白天即可以藻类及轮虫等细小的浮游生物投喂；约10天后，改以细小的桡脚类浮游生物，约一个月左右，便可完全长成与亲鱼同样的体型、体色与斑纹。

小丑鱼究竟何时，才能和海葵共生呢？根据实验观察，小鱼刚开始是在水中游动，大概十多天左右，逐渐变成底栖性，且开始转变为亲鱼的体色；这时，小鱼就可以自由进出海葵，并和海葵展开亲蜜的共生生活，而体色未转变的小鱼，就会遭到海葵无情的攻击。在小丑鱼的世界里，还有一个有趣的现象，那就是「性转变」，例如在一个小丑鱼的群聚中，具生殖能力的雌鱼和雄鱼只能有一对，并且雌鱼体型明显大于雄鱼，其余的则是尚未具生殖力的雄鱼；倘若唯一的雌鱼死去，原具有生殖能力的雄鱼就会性转变成雌鱼，并由众多未具生殖能力的雄鱼当中，较优势者递补成具生殖能力的雄鱼。该中心在进行粉红小丑鱼复育研究时，在八尾粉红小丑鱼自然配对的过程中，最后只剩三尾雄鱼存活，而其中一尾雄鱼就性转变成雌鱼，并且开始产卵繁殖，所以如果要繁殖小丑鱼，在挑选种鱼时，应选择一大、一小两尾成鱼，较易配对成功。