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只有能提供合适的环境，才能使过滤系统发挥理想的效果。水中的细菌要求一定的生存条件，主要是氧浓度、温度、酸碱度和营养。

氧浓度：好氧菌类在缺氧的环境下会快速死亡，死亡后就成为有机废物；厌氧菌类在缺氧的环境中才能较好地生长繁殖。所以，过滤系统中最好能设置有氧区和无氧区，先在水中含氧量大的区域（通常是前面部分）放好让好氧菌类（消化细菌和硝化细菌）生长繁殖的滤材，经过好氧菌区域后，水中的含氧量会剧烈减少，在进入相对的“无氧区”内时水中的无机废物就可以被厌氧菌类利用了。水经过完整的过滤后需要用气泵增氧后再返回主缸体。

温度：所有细菌都需要一定的温度条件下才能正常生长繁殖。硝化细菌合适水温在20~28度，超过这个范围时他们代谢作用变得比较缓慢；温度低于5度或高于42度就停止代谢作用。水中的其他细菌同样要在一定的水温下才能正常生长繁殖，一般要求水温控制在20~30度代谢才能比较旺盛。所以，在冬季水温较低的时候，各种细菌群的代谢减慢了，有机废物的腐化分解过程就会比较慢，水质的恶化也就慢了，但整个过滤系统的菌群依然能处于平衡状态。然而，随着水温上升，细菌代谢慢慢恢复正常，有机废物的腐化分解速度会增加，水质的恶化速度就增加，消化细菌的生长繁殖周期要比硝化细菌快上百倍，春季水温刚回暖时消化细菌开始大量生长繁殖的时候，硝化细菌还没有能及时增加，水中的铵未能及时被分解而导致铵浓度的增加；所以在初春的时候是各种至病菌和铵浓度较高的，是各种水生动物疾病的高发时期。

酸碱度：硝化细菌一般要求在PH6.5~8.5的水体中才能正常生长繁殖。

营养：消化细菌的生长繁殖需要以有机废物作营养来源；硝化细菌的生长繁殖离不开铵。

另外，硝化细菌需要洁净的固定物表面作生长繁殖的场所；光线对硝化细菌有强烈杀伤作用；水中加入抗菌类药物后，会使水中的菌类失衡破坏原有的各种细菌群。