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水变绿主要是水体富营养化，引起藻类种群的变化 水体富营养化极易使原来为罗非鱼提供饵料的优势种群如硅藻、甲藻等数量减少，而被一些不易消化的藻类等代替，水体颜色也随优势种群而改变。

这些藻类的过度增殖，一方面，使水面形成云斑状“水华”，并发出腥臭味，恶化水质，影响罗非鱼生长发育；一方面，藻类过多，吸附到鱼鳃上可影响呼吸，藻类死亡后，其蛋白质分解可产生羟胺、硫化氢等有毒物质，威胁着鱼类等水生生物的生存。

由于藻类在水中存在使水质变化，也造成处理上的麻烦，藻类使有机物增加，这样就会增加投加药量，添设处理措施，例如我们现在已经在使用的活性炭。大大提高了生产成本。藻类使水产生苦、酸等不同味道。

尤其夏季还会产生土腥气味。由于光合作用，水中pH值升高，以及由于藻类作用，水中溶解氧增加，虽然溶解氧升高不是坏事，但它会使矾花上浮也就影响沉淀。水体藻类等浮游生物大量滋生，致使水厂进水水质变差，从而严重影响饮用水的安全性。