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一、真菌

真菌可经直接穿透、自然开口及伤口三种途径侵入水草。首先，因水草表皮缺乏角质层的保护而有利于菌体直接侵入，但并不意味着菌体能轻易侵入菌体。因水草表皮下有抗病作用的细胞，该种细胞能抵抗入侵的菌体。其次，一些绝对寄生的菌类能通过水草的呼吸孔侵入，水草的这些吸收二氧化碳和养分的通道对病菌的抵抗能力较弱。最后，一些病菌在水草伤口处侵入水草体内。水草伤口的出现不仅为病菌提供入侵的途径，而且也为病菌提供了营养物质，有利于病菌的生长繁殖，从而加速了水草组织的破坏。水草修剪、新植株的扦插及被鱼体咬伤的伤口均有利于真菌的侵入。

当菌体侵入水草后会使水草细胞活动受到干扰，使水草的新陈代谢失去平衡，从而出现黄化、叶斑及腐烂等外部形态的改变。

当水草受到真菌感染时，通常没有可行的方法将其治好。因此病害的防治重点应在于寻找有效的途径预防感染：一、使用剔除病株或剪除病株感染部位的方法防止病害的蔓延。二、建立良好的生态环境以杜绝病害发生的环境因素。
　　二、细菌

细菌可经由水草体表的自然开口及伤口进入体内，但由于经自然开口进入体内受抵抗力较大，进入比较困难，所以伤口是许多细菌入侵水草的必要途径。伤口的形成有人为的修剪，也有生物的作用。

细菌在水中的传播方式与真菌不全然相同。细菌不能产生孢子，故细菌主要靠自己的能力使水草感染。另外水生动物的携带也是传染的途径，例如水蜗牛可将病菌由一株病株传染到另一植株。多数细菌在未找到寄主之前，如果环境中的养分、温度、PH等主要因子都适宜细菌生存时，即使寄主水草并不存在，细菌也可以在水中自由生存。细菌侵入水草后，是否能使水草染病，以及发病速率等，要受到环境及寄主水草本身条件的影响。就环境因子而言，温度、水质及养分是控制水草代谢作用与病菌在寄主组织中繁殖速率的重要因子。当水质良好，养分充足，温度在24℃~30℃之间时，既利于寄主水草的生长，也利于病菌在入侵细胞内的繁殖。但是如果水草生长旺盛，病菌的繁殖会被抑制，或被水草所分泌的杀菌成分杀死。如果病菌生长占优势，它会利用各种方式破坏水草，如有的细菌能利用酶溶解水草组织的细胞壁，而使细胞内容物流入细胞间隙，使受害组织呈现软腐病症。如有的细菌能产生毒素使水草细胞崩解，造成感染部位组织快速死亡，表现的外部症状主要有黄化、叶斑、腐烂、凋萎等。

尽管病菌容易被药剂杀死，但它们导致的病害却难以防治。即使将病株剔除，水中依然可能存在大量的病菌。用对水草安全剂量的含氯药剂或紫外线杀菌灯可能将水中病菌杀死。我要鱼水族网

三、病毒

水中的病原病毒对水草无直接入侵的能力，只要水草没有伤口，病毒便很难感染。但如若修剪水草、或是水中存在以水草为食的鱼类、虾类、螺类等动物时，它们便成为了传播媒介。我要鱼水族网

病毒侵入水草体内后，同病菌一样需要经过一段潜伏期，潜伏长短及是否发病视环境因子及水草状态而定。

水草病毒病没有经济可行的方法治疗，只能以预防为主。防止水草受伤，减少病毒从伤口感染的机会；勤于换水，水中存在的病毒可因换水而被稀释，只要达到其致病的临界浓度以下病毒就无法成功感染水草了。