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复合微生物制剂是近年来国内外兴起的一类新产品，其特点是通过复合两种（类）或两种（类）以上的微生物菌种，加以组合而制成的制剂。由于水质污染问题非单一种类微生物所能彻底解决的，因此使用复合制剂将具有更强大的分解有机污物能力，而能产生更有效率的净水作用，是目前微生物制剂中最理想的产品。

目前利用急速冷冻的干燥方法，已经能成功地把两类不互相隶属的微生物制成复合制剂。例如，本所的「速可净」产品，就是利用此种方法，由具有强力分解能力的好气异营性细菌与硝化细菌的干燥菌株，混合于干燥的稀释剂中制成。它具有活化能力，活化后即能同时担负起消除有机污染及氨的双重作用。

另外，利用各种细菌的孢子，混合于稀释剂中，亦可制成同时具有好气、兼气及厌气性复合制剂。使得不同呼吸种类的菌株，能同时进入水体内，在不同环境中各自发挥特有的净水作用。它们在制剂中虽然处于休眠状态，但投入养殖水体后，能立即活化并迅速发挥作用及繁殖成优势种群，因而能表现出更强而有力的净水功能，目前已应用或开发中的产品不少，对改善水产养殖生态环境有不小的助益。这类产品以粉末制剂为主，在 水族界也有广泛应用。