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蛋白机的放置方式有很大的学问，首先蛋白机所吸到的水应该是鱼缸表面的水，因为蛋白质会凝结在水面，所以最好的方法是用溢流盒(overflowbox)的水直接喂到蛋白机，但是在没办法的时后，最好把蛋白机放在过滤缸水位最低的隔层并把喂水帮浦尽量置于表面。

过滤缸过大也会造成蛋白质过于分散使蛋白机没效率另一方法则是把溢流盒(overflowbox)的水导入仅可以放置蛋白机或蛋白机马达大小的容器，然后让水满后流回过滤缸，这样可以确保容器中的蛋白机或马达导入蛋白质丰富的水，可以影响蛋白机功率很大。鱼缸表面不可以凝聚一层像油质的蛋白质，如果有就表示循环马达功率不足也可另置打水马达将水面的油脂吹向溢流盒。

市面上知名高档品牌及设计原理可分逆流式(CounterCurrent)，venturi式，venture+真叶马达，beckett气阀及Aqua-C的sprayinjector。更高档的蛋白机设计采用内循环马打，也就是主马达抽取蛋白机内的水。低挡的产品则以气泡石加帮浦打气为主。

Airstone(气泡石)式:这是市面上最低档但也是最便宜的一种蛋白机，因为帮浦所打出来的气压一般都不大，只能推动很小的水量，而且很难调整，除非是很小的鱼缸并且饲养很少的生物，这种蛋白机可说一点用也没有。

Venturi式则是一般较经济型的蛋白机，但是功率比Airstone(气泡石)式的可说好不少，一般有一只出水管可以调整水位。要注意选够容易拆洗，并且有大型的污水储存槽。此种设计功率平平，多数以中小型缸，饲养鱼或较耐的软件试用。较大型的鱼缸及水质要求高的软件最好采用更有效率的其它设计。像台制的Macro及无数小品牌就采此设计。

CounterCurrent是ETSS牌的专利，此品牌采用把鱼缸的水导入装满生化球的压克力混合塔，让水和空气混合后再由马达加压打出。此品牌算是老牌子，有他的支持者，但是装满生化球的混气塔需要清洁，而且气泡颗粒较粗。但是用来只饲养鱼的大型缸或者饲养鱼只不多的软件缸绰绰有余。

NeedleWheel(针叶式):

这是目前最流行的高挡蛋白机的设计，利用Venturi将空气混入进水，再由马达的针叶将空气搅散，所得到的气泡非常细且多，而且马达所需的瓦数不大，而且因为马达进水量不大，所处里的水可以滞流在蛋白机内的时间会延长，增加蛋白质和空气凝结的时间，是功效非常好的蛋白机，但是因为是针叶打水，一颗马达所能处里水量有限，处里大型鱼缸所需要的针叶式蛋白机需要2-3颗马达以上。能源的消耗会大幅提高。但是针叶式蛋白机易清洗，效能高，很试用于中型硬骨珊瑚缸，尤其是要求吹毛求疵的水质时更是一大利器，相当多的知名品牌都是采此设计。(RoyalExclusiv，Deltec，H&S，Euro-Reef，ASM以价格高低顺位)这些都是公认顶级蛋白机。部份厂牌另有内循环式的更高档机种，由独立的马达进新水，针业马达则循环蛋白机中的水，所处里的水可以滞流在蛋白机内的时间进一步延长，使水质更上一层楼。

Beckett气阀:

气阀的蛋白机需要用很强大的水压来推动，推出来的气泡是非常细的，但是水流量很大，用电也较大，所以较适合大型的蛋白机。一般会认为适合大型的珊瑚缸或鱼缸。此设计要注意选购正确的马达，并不是以水量来评断适不适用，一些价位低的沉水马达打水量大但是水压低，无法有效的推动气阀。要购买压力大的外接式马达较佳。有些人认为Beckett气阀的蛋白机因为入水量大，造成水滞流在蛋白机内的时间过短，不过新一代的内循环式应该可以完全修正此问题，另外尽量选购高度更高的设计可以大大的延长水滞流在蛋白机内的时间，大幅提升效率。另外也要注意气阀不被阻塞，蛋白机管壁也要常清洗。像美国的MRC(Myreefcreation)，BarrAquatic都有效能很高的Beckett式蛋白机，很适合2000公升以上的大型缸，价格也会比可以处理同水量的针叶式低许多，因为不需要数颗马达。