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箱内过滤器有过滤砂层和小型循环水过滤泵两种。

砂层过滤法是利用水族箱底部的砂层培养硝化细菌，通过硝化细菌的生理功能来净化水质。其优点是水质一旦转清，就能较长时间地保持水质的稳定。缺点是净化水质的时间较长。砂层过滤法多见于以展览观赏为主的水族馆。

是一种辅助性的生化过滤法。其制作工艺过程是：在水族箱底部排放塑料管道网，塑料管道每10厘米锯割一个细缝，水族箱底安装一个出水口，然后在底部管道网的上面覆盖两层纱窗网，再在纱窗网上铺满面10~20厘米厚的碎石料或珊瑚砂作砂层过滤床。水族箱底部的出水口用管道接一个机械抽水泵，这样砂层过滤管道网安装完毕。其原理是：当抽水泵工作时，水族箱内的水通过砂床渗透到底部管道中，并通过底部管道网汇入出水口，抽水泵将水族箱中的水抽出并通过管道重新注入水族箱中，使水族箱内的水形成环流动状态

近几年来市场流行的小型循环过过滤器，适用于单缸水族箱。

它是家庭观赏水族箱中净化水质的主要设备。它的长度在0.5米左右，可放在水族箱的顶端。过滤箱内底板是带有网孔的，上面铺一层海绵，放上活性炭，活性炭上面再铺一层海棉，组合成水质过滤层。其原理是，循环水过滤泵的进水口是一段塑料管，它直接插入水族箱中，出水口用一段塑料弯管通到过滤箱内，这样接通电源后，水族箱内的水被不断地吸到过滤箱内，慢慢渗透，通过活性炭过滤层，并从过滤箱的底板网孔中流出，形成一种循环流动的过滤水水族箱内的容水量在100~200千克时，一般每天使用6小时，水质就可以由混浊变澄清。若水族箱容水量较大，连续开启过滤泵。过滤材料海绵一般每周清洗1~2次，活性炭每1~2个月要清洗一次。参照水色的澄清度，要定期清洗过滤材料，防止过滤层中空隙因积聚垃圾太多而影响过滤效果。