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有益微生物除上述的功能外，还有其他的许多功能，以下将介绍水缸中常使用的微生物，并介绍其功能：

酵母菌（Yeast bacteria）

1.促进有机物的溶化。

2.可将葡萄糖以一次代谢形成“丙酮酸”，丙酮酸是好氧性醋酸菌及厌氧性酪酸菌所需要的基质（微生物的食粮）。

3.二次代谢实行成贺尔蒙、维他命、核酸等生理活性物质，为提供并促进植物生长的成分。

乳酸菌（Lactic acid bacteria ）

1.增加光合成菌的作用，并做半腐态有机物的分解。

2.乳酸菌（属益菌类），可将镰胞菌（Fusarium）杀灭。

3.消除水中恶臭气体。

4.促进有机物的发酵分解。

光合成菌

存在于自然界中的厌氧性有益微生物，能在光照下或缺氧中进行分解有毒物质。目前水族界较常利用的光合成菌以：红色硫磺光合成菌、红色非硫磺光合成菌、绿色硫磺光合成菌为主。

高浓度的光合成菌液体呈现扑鼻的水沟臭味，约以一滴（１/２３Ｃ.Ｃ）使用于１００公升水缸。业者出售时，以培养至去势阶段（消费者不能再予以繁殖），冲淡後装瓶出售。

其功能为： 1.促进植物的光合成作用，强化水草本体对维他命Ｃ及Ｅ倍数的形成。 2.依生态连锁作用来安定ＰＨ值及溶氧量。3.分解鱼只排泄物、死尸、残饵、腐叶所产生的有害物质，减低阿摩尼亚、亚硝酸、硫化酸、有机酸等。（光合成菌以吸收此为营养基质，并从NO2、NO3中夺取氧而释放氮，逸散于空气中。） 4.分解水中硫化氢後，可防止根丛腐烂。 5.抑制底砂中病源性有害细菌的繁殖。（与放射菌之功能相同） 6.可改善水质，使水质澄清、鱼只食欲旺盛、鱼只活泼体色鲜明、水草色泽鲜艳。

固态氮菌（氮固定菌）（azotobacter：azotobacteria） 1.具氮固定作用，使植物易吸收，避免氮流失。 2.将空气中的氮气吸收而与脂肪酸合成。一呼吸作用放出“二氧化碳”，制造光合成菌的基质（微生物的食粮）与生存环境。光合成菌依此基质吸收太阳热能合成糖类，在无氧呼吸中产生氧气，作为氮固定的基质与生存环境。（氮固定菌呼吸作用产生“二氧化碳”，形成无氧状态供给无氧呼吸的光合成菌繁殖）

放射菌

分解有害物质成为有利植物光合作用的光合成菌，同时具有驱除有害病菌的抗菌作用，达成抑制腐败菌的繁殖。使水草叶壁节坚韧不易掉叶。

丝状菌抑制病源性细菌，并促进有机物的可溶性。枯叶杆菌 1.杆菌分泌“酶质”（如蛋白酶），分解磷酯连结之化合物，如核酸。分解水中有机质、氨、NO2。 2.另一种厌氧性杆菌在厌氧条件下（如旧水草缸底床），能产生维他命Ｂ12，供给水草及有益微生物利用。

麴菌

1.利用残饵中的碳水化合物为本身的养分，以降低水中污染物，防止霉菌繁殖。

2.能分泌各种的酶质（如蛋白酶）。分解水中蛋白质、纤维素、胶质、脂质等。