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有效率的过滤设备是一个干净，健康，繁荣的水族鱼缸的关键组件。家庭饲养观赏鱼类，植物，珊瑚和无脊椎动物的密度远超过自然界，因此在生物的生长代谢过程中会产生大量的代谢废物，加上食物残饵，我们必须在其变为有毒物质前将其清除掉，保障鱼缸内的生命安全。过滤器在各种各样的构造过程中可为我们提供物理过滤、生物过滤和化学过滤，甚至可为水体补充被消耗的氧份。

过滤可分为物理过滤，化学过滤和生物过滤三种形式。三种形式既独立有统一，共同完成整个过滤过程。

物理过滤：过滤的一种必要形式，可将水里的悬浮粒子从水中分离出来并清除掉。大多数过滤器滤材均能在某种程度上对水体进行物理过滤。物理过滤滤材(如聚酯、滤水绵)效果非常好，可迅速隔离水中悬浮物质，使水质澄清。

化学过滤：主要起到控制并稳定水质的作用。化学过滤滤材可除去水中的含氯成分，消除疾病处理后残留的药物，吸附和沉淀重金属离子，调节硬度和PH值等。（水质各特性我们可以使用各种基本的试验工具检测得到）。各种市售的化学过滤滤材（活性碳及树脂）可直接运用于化学过滤系统，为观赏鱼类和植物提供优良的生活环境。

生物过滤：过滤系统的重要组成部分，近些年来，生物过滤的重要性越来越受到人们的重视，也是各国研究与开发的重点。在水族箱里生物的生长过程会产生大量的氮代谢产物，其中对鱼类有毒害作用的有氨和亚硝酸盐，必须将其清除和转化成无毒成分，但物理和化学过滤都无法达到要求，只有应用生态平衡原理，通过生物过滤将有毒废物降解。著名的生物过滤菌种有硝化细菌、光合细菌等。硝化细菌：能稳定良好的栖息于生物过滤滤材（如生化过滤绵、生物球和生化瓷环）中；并能利用氨和亚硝酸盐两种含氮化合物作为能源，将其降解为硝酸盐（一种相对无毒的化合物）。硝酸盐在日常换水管理中容易控制含量，或者被水生植物吸收利用。氮循环即氨和亚硝酸盐和硝酸盐之间的变换和硝化。硝化细菌在正常的生长代谢下可担负这一重要的生态循环，但遇到以下两种情况必须添加菌种重新培养：

1、新鱼缸没有硝化细菌的存在，因此用新缸养鱼缺乏定氮能力；

2、治疗鱼病或长时间停电，导致硝化细菌大量死亡，鱼缸自净能力减弱

实际上硝化细菌分为两类。第一类为Nitrosomonas，负责把水中的氨转化为亚硝酸盐；第二类为Nitrobacter，负责把亚硝酸盐转化为硝酸盐。但我们习惯上把Nitrosomonas和Nitrobacter统称为消化细菌（NitrifyingBacteria）。消化细菌的繁殖周期为8小时左右。但我们必须理解到水中的化学成分、温度、水体污染和溶氧等因素对硝化细菌的定氮效率是有影响的，因此保持稳定的温度，PH和水质对于水族箱内所有生物的繁衍就变得十分的重要。