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龟的内部结构可分为骨骼、肌肉、消化、呼吸、循环、泌尿、生殖、神经等系统。

（1）消化系统

由消化道和消化腺组成。消化道分为口、咽、食管、胃、肠、泄殖腔等几个部分。消化腺有肝脏和胰脏，肝脏分左右两叶，褐色。肝左叶的背面与胃之间有短的胃肝韧带相连系；肝右叶背面接近外侧缘有一大的浓绿色胆囊，它以短而粗的胆管通连十二指肠，十二指肠由韧带连到肝右叶背面的中部，韧带内存有长形乳黄色的胰脏。

（2）呼吸系统

包括鼻、喉、气管、支气管、肺等器官。气体交换主要在肺内进行，肺为海绵样构造，内壁借小隔膜将肺分为若干室。左右肺叶分别通过左右支气管和气管相通，气管由多数软骨环支撑，喉由环状软骨和一对杓状软骨组成。

（3）循环系统

心脏包含静脉窦、左右心房、和心室。心室内有不完全的室间隔，将其分为左右相通的两部分。体静脉粗大的基部与静脉窦相连。由躯体和内脏回归的静脉血，经薄壁的静脉窦、右心房注入右心室，再经右侧的肺动脉弓流入肺内；来自肺静脉回心的动脉血，分别供应头部和前肢，然后沿背大动脉后行；心室中部的混合血进入左体动脉弓后行流入背大动脉。

（4）泌尿生殖系统

泌尿系统的1对后肾，呈扁平状，表面有许多沟纹，可分为数叶，前端较宽，后端较狭，紧贴于腹腔背壁，并各有一条后肾管（输尿管）由肾中央内侧伸至泄殖腔的尿道背壁。膀胱为囊状结构，末端有柄，开口于泄殖腔的尿道腹壁。雄性生殖器官包括1对睾丸、1对附睾、1对输精管和1个交配器。雌性生殖器官包括1对卵巢和1对输卵管。

（5）骨骼系统和肌肉系统

骨骼系统较为发达，分化明显，由头骨、脊椎及附肢骨构成，其骨化程度高。头骨分为脑颅和咽颅2部分；龟的脊椎融合到龟壳背甲上，由颈椎、躯椎、荐椎和尾椎4部分组成；附肢骨骼包括肩带、腰带、前肢骨和后肢骨。

（6）神经系统和感觉系统

龟的神经系统比其他两栖类发达。大脑半球明显，间脑小，顶部的松果体发达；中脑的视叶发达，为龟高级中枢；小脑较发达；延脑与脊髓相连；具有12对脑神经。龟的嗅觉发达，嗅膜布满鼻腔背侧、内侧鼻甲骨的表面。龟的眼睛很小，其基本结构与其他脊椎动物无本质的区别，发展到依靠改变晶状体的凸度以调节视距，其视力很强。龟的耳由两部分构成，即中耳和内耳，没有外耳。但具鼓膜，膜内是中耳腔（也叫鼓室）。声波经鼓膜的振动，通过鼓室内的耳咽管传导到内耳而产生听觉。