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乌龟有多种原虫，多数共栖无害。龟最严重的致病原虫是阿咪巴。

[临床表现]：

厌食、体重下降、呕吐、粘液性或出血性腹泻，最后死亡。慢性病例常见肝脓肿，内有大量的阿米巴滋养体。剖检肉眼可见病理变化，从胃一直扩展到泄殖腔的肠道内出现溃疡灶，溃疡发展为干酪样坏死、水肿、出血。肝型阿咪巴肝脏肿大、多发性局灶脓肿、质脆，肿胀变大，诊断依据新鲜粪便涂片、组织压片或组织学切片见到滋养体或孢囊。

[治疗]：

侵袭性内阿米巴最好用灭滴灵治疗，剂量为160mg/kg.口服3天，每天总剂量最大400mg/kg。肌注盐酸依咪叮，剂量2～2.5mg/kg，1日1次，连用10天。

曾有报道鞭毛虫，特别是六鞭毛虫属引起海龟尿道病。曾用于治疗鞭毛虫的药物有二甲硝咪唑，40mg/kg，口服5天。灭滴灵125～275mg/kg，口服，2周重复1次.

已报道乌龟有几种球虫寄生，克洛斯球虫寄生虫在肾，等孢子球虫寄生在胆囊和肠道，艾美尔球虫寄生在肠道道。病的严重程度随寄生虫的品种和被寄生龟的情况而定。可以用磺胺甲氧嗪，20%的溶液肌肉或皮下注射，首次剂量80mg/kg，后天4天40mg/kg。如果用4-磺胺-5，6-二甲氧嘧啶，首次剂量用90mg/kg，后5天45mg/kg/天，用胃管喂乌龟吃药。