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水母的身体有95%以上是水份,其他则是蛋白质和脂质所构成,所以水母的身体会呈现透明状,就是因为身体内的水份之故。水母具有三胚层,最外是表皮层(epidermis),最内层则是胃皮层(gastrodermis),由胃皮层构成一简单的体腔,只有一个开口,兼具口及排泄的功能,在表皮层及胃皮层之间的则是中胶层(mesoglea)。以钵水母为例,水母的身体有几个构造:
胃腔
即是由胃皮层所形成的胃腔,也是水母的消化系统,胃腔内有胃水管系统(Gastrovascular cavity),内有许多的触手状的胃丝(Gastric filament),胃丝上又有刺丝胞(Nematocyst),可将吃进来的饵麻醉,再放出消化液来进行消化。生殖腺也是位於胃腔壁上,同样是发源於胃皮层(Gastrodermis)。
感棍
在水母翼的边缘均分有八个感棍(Rhopalium),内有一个平衡胞、小眼(Ocellus)及两个感觉窝(Sensory clubs),是在水中平衡其身体及触觉之用,可说是水母的感觉器官。其中,箱形水母拥有24个眼睛,360°的视觉感官。
伞帽
伞部边缘有六个感觉器官,一旦有物体靠近他们就会根据海水中的次声波快速逃走.
触手
在水母翼的边缘有许多细小的触手,触手的前端有刺胞,刺胞可捕捉浮游生物及攻击敌人。