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一套完整的过滤系统不仅可以除去水中悬浮物和多余的藻类，还可以通过滤材上的生化细菌分解掉水中所含对锦鲤鱼有害的物质，如：氨氮、亚硝酸盐等。因此，配备过滤系统是养好锦鲤鱼的重要一环。

锦鲤养殖用水质过滤分为物理过滤、化学过滤、生化过滤和植物过滤。

(1)物理过滤是利用各种过滤材料或辅助剂将水中的尘埃、胶状物、悬浮物、树叶等除去，保持水的透明度。比较传统而简便的方法是用砂、石粒使水渗透，以除去肉眼可见的悬浮物。同时它具有物理过滤与生化过滤双重作用。

(2)化学过滤是利用滤材将溶解于水中有害鱼类的各种离子化合物或臭气等，以吸收法除去的过滤方法。常用的滤材有活性炭、麦饭石、磷石，以及离子交换树脂等。

(3)生化过滤就是利用附着于滤材上的生化细菌，将鱼的排出物(如粪尿)、残余饵料及所产生的含氮有机物或氨等加以氧化处理的方法。它是整个鱼池过滤系统中最重要的一环。常用的滤材有毛刷、纤维棉、生化丝及生化球等。在清洗或消毒过滤槽时，不要冲掉或杀死这些细菌。

(4)植物过滤利用水中植物吸收水中有害因子的方法。一般可利用的水中植物有浮萍、石菖蒲等，它们根系发达，除了有植物过滤的作用外，还能吸收水中铁离子及农药。