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此科鱼是体外受精，卵生，繁殖习性较特殊。

1、自由选择配偶。慈鲷科鱼须自由选择配偶，否则会发生搏斗而咬伤身体。养殖者把性成熟的雌鱼与雄鱼选出十余条，放入一个大的水族箱中，让它们自由配对。经过数天的认识，即可发现一部分的鱼总是双双一起游动，并占据水族箱的一个地方，不让其他个体靠近他们的领域。这表明自由配对已经成功。

2、鱼卵产在石块上。本科鱼虽然不营巢产卵，但它们喜欢把卵产在池底或石块上。因此在繁殖缸里应预先放入光滑的石块。亲鱼选好产卵场后，以嘴把环境清干净。雌鱼即游到石块上产下一行卵（5—10粒），雄鱼跟在后面对着卵射精液，如此多次，持续数小时，产卵结束。

3、亲鱼对后代关怀备至。产卵完后，亲鱼轮流用胸鳍对卵扇水，保持足够的溶氧量。经过数昼夜的照顾，受精卵孵化成仔鱼。亲鱼会将未受精的卵都吃掉，以免该卵腐败而保持新鲜的水质。在孵卵与仔鱼期间，亲鱼的性格也变得凶猛，不许其他鱼靠近卵或仔鱼群。如养殖者手伸进繁殖缸的水中，亲鱼也会冲过来啃咬。