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净水微生物主要有以下10种功能。

去碳、去氮：如芽孢杆菌、假单孢菌等复合菌有去除水中的碳、氮、磷系化合物的能力，并有转化硫、铁、汞、砷等有害物质的功能。

杀灭病毒：如枯草杆菌、绿浓杆菌具有分解病毒外壳的酶的功能而杀灭病毒。

降解鱼药或鱼药的残留毒性：如假单孢菌、放线菌、真菌有降解转化残留的化学鱼药的功能。

絮凝作用：如芽孢杆菌、气杆菌、黄杆杆菌等有生物絮凝作用。可以将水体中的有机碎屑结合成絮状体，使重金属离子沉淀，很容易被过滤器截流而移出系统外，使水体清澈。

反硝化作用：如芽孢杆菌、短杆菌、假单孢菌都是好氧菌和兼性厌氧菌，在供氧不充分的时间与空间，可以起反硝化作用，将硝酸盐移出系统外，提高pH值。

消解污泥：硝化细菌可以使有机污泥消解。

海淡均益：许多微生物在海、淡水中均能生存，有无盐分消解对它们没有多大影响。

彻底净化：这种复合菌能利用水中浓度极低的营养物质，把NH3-N，NO3-N降至零。

适高浓度：这种复合菌适合低浓度污水也适合高浓度污水，都能净化水体。