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水族缸内的细菌是从食物、鱼儿及生物的排泄物、枯萎植物及动物尸体等等分解当中各种蛋白质而来，而这些废物就称为有机物；在以上这种种废物及鱼类或生物也会不断地产生“氨”（NH3）（俗称阿摩尼亚），而“氨”（NH3）就是水族缸内对鱼儿及生物的最大毒物，严重者可导致鱼儿及生物死亡！

但幸好这毒物是有天敌，有了“氨”（NH3）的同时也出现了一些生存于氧气里的有益细菌就是“亚硝酸菌”（Nitrosomonassp），而“亚硝酸菌”（Nitrosomonassp），就会把“氨”（Nitrate）（NH3）吃掉再转变成“亚硝酸盐”（Nitrite）（NO2-）微毒性的物质，但这些“亚硝酸盐”（Nitrite）（NO2-）也会对鱼儿做成很大的毒害，这时另一种生存于氧气里的有益细菌便会出现就是“硝酸菌”（Nitrobactersp），“硝酸菌”（Nitrobactersp）会将“亚硝酸盐”（Nitrite）（NO2-）再转变成较弱毒素的“硝酸盐”（Nitrate）（NO3-），虽然“硝酸盐”（Nitrate）（NO3-）的毒素较弱，但也会对鱼儿带有一定的伤害力。

而有益细菌“亚硝酸菌”（Nitrosomonassp）把“氨”（Nitrate）（NH3-）再转变成“亚硝酸盐”（Nitrite）（NO2-），而有益细菌“硝酸菌”（Nitrobactersp）把“亚硝酸盐”（Nitrite）（NO2-）再转变“硝酸盐”（Nitrate）（NO3-），这时候“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）就会把“硝酸盐”（Nitrate）（NO3-）转变回“氮气气体”（N2），这个过程就称为"氮化合物循环"。

（简化程序）

食物、鱼儿、枯萎植物及动物尸体→氨（NH3）→亚硝酸菌（Nitrosomonassp）→亚硝酸盐（Nitrite）（NO2-）→硝酸菌（Nitrobactersp）→硝酸盐（Nitrate）（NO3-）→“厌氧性细菌（AnaerobicBacteria）→氮气气体（N2）→散发于空气中

什么是厌氧性细菌及好氧性细菌？

“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）就是不需要氧气也能生存的细菌，所以“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）是可以在无氧环境的密封式过滤系统中、砂床中及一些较少量氧气的地方生存。“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）可以把水族缸内里的“硝酸盐”（Nitrate）（NO3-）分解转变回““氮气气体”（N2），这个过程称为“厌氧性细菌之脱氮作用”，而“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）也是有益细菌一种，因它可以把在水族缸内不断产生的“硝酸盐”（Nitrate）（NO3-）毒素再转变回“氮气气体”（N2），但如果把砂床中的“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）反出来或水族缸内有过量的“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）存在，如水族缸内有过多的岩石和装饰，也会导致水流过漫含氧量过少，而导致“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）大量繁殖，这样就会对鱼儿及生物造成伤害，特别在海水缸，严重者可导致全军覆没。（俗称返缸）

因“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）可把“硝酸盐”（Nitrate）（NO3-）转变回“氮气气体”（N2），所以有些饲养者会用两种不同型号及水流流量的过滤器材来过滤及养这些性质相反的细菌，把一个密封式过滤筒器材的水流量较致最缓慢的速度，尽量地把内里的氧气大大减少，这样就是要陪养这些“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria），但这个繁殖“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）需要相反的细菌“好氧性细菌”（AerobicBacteria）来平衡中和水中的毒素量，因如果水中的“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）失去平衡，“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）过量繁殖，此时“厌氧性细菌”（AnaerobicBacteria）就会有害，因有些细菌在这些消化过程中会产生一个化学作用，便会产生出一种“硫化氢(H2S)”，而“硫化氢(H2S)”的气味就像腐败的食物[如：坏了的蛋般]，而这“硫化氢(H2S)”通常对海水缸影响得较为严重，严重者可导致鱼儿及生物死亡或导致大量死亡。（俗称返缸）

但“硫化氢(H2S)”对淡水缸的影响就是令水质变得很差，但如果长期也是这样也会对淡水鱼儿的健康造成伤害；但不會如海水缸般傷亡那快及多！

而另一个过滤器材就是用来过滤水质、陪养及繁殖这些“好氧性细菌”（AerobicBacteria），这个过滤器材水流相反地要流量更快更多，更要令这个过滤器材内的含氧更多，来陪养及繁殖更多的“好氧性细菌”（AerobicBacteria）！

“亚硝酸菌”（Nitrosomonassp）及“硝酸菌”（Nitrobactersp）也称为“好氧性细菌”（AerobicBacteria）（这两种细菌也并称为“硝化细菌”），供给“好氧性细菌”（AerobicBacteria）氧气的需求也很简单，只需要把含氧量的水经流滤水器材再流动出来便可。当水中的含氧水质流动时，好氧性细菌也会不断地进行“氮化“的工昨，但是如水流一旦停止流动，水中的好氧性细菌就会相继死去，严重影响水族缸内的水质，最终鱼儿及生物也会因此导致大量死亡。（俗称返缸）