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鱼放入箱后，在水质状态良好的情况下，或多或少会生长一些绿藻。这没关系，不必担心，只是这种藻不容易去除，可用刀片刮除。当硝酸盐浓度升高或pH值下降时，在海水水族箱中最容易滋生红黑色或绿色的稍带粘稠感的海藻。我们可以用手将这种藻去除，但如果不将根本原因除去，这种藻很快又会滋生。

刚刚装设水族箱时，最容易长一种茶色的藻(硅藻类)，常覆盖在玻璃表面或珊瑚上。我们用布或海绵可以轻易地擦去这种藻。珊瑚要取出用漂白粉洗，待水除去氯气后再放回水族箱。等水族箱中硝化细菌的繁殖稳定下来后，这种藻会少多了，情况会大为改善。

丝状的藻类最常出现在水质恶化的无脊椎动物的水族箱里，这说明水族箱中硝酸盐浓度升高，可以在换水时用手除去丝状藻。

还可以用臭氧发生器去除藻类。