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光合细菌，是一种以光为能源的厌氧细菌，包括紫硫菌，紫色无硫菌，绿硫菌和绿色无硫菌。光合细菌是以水体中的氨态氮、硫化氢、单糖、醇类、有机酸、氨基酸等低分子有机物为营养，构成自身的物质进行生长、繁殖，从而达到净化水质的作用，由于光合细菌属于厌氧菌，所以在缺氧的砂层中净化作用更加明显。在条件适宜的环境中，光合细菌菌体重量增加一倍的时间仅需半小时，因此利用光合细菌净化水质和底砂可以收到立竿见影的效果，目前市场上出售的光合细菌主要是紫色无硫菌，它包括荚膜红、沼泽红、球形红菌等。现在市场上又出现了绿色的光合细菌，主要为绿色无硫菌。将红色光合细菌与绿色光合细菌合并使用效果更佳。

硫化细菌：在鱼的食物残饵、粪便以及水草残片中还含有硫，硫会产生具有臭鸡蛋味的硫化物，在氧气充足的条件下，硫化细菌会将这些硫化物氧化成硫酸盐、水和自身能量；在缺氧条件下，厌氧菌会将硫化物转变成有毒的硫化氢气体。因此保持水族箱内充足的氧气和适时添加硫化细菌制剂是十分重要的。

积磷菌在繁殖后代之前，需要在体内积聚大量的磷作为能源，这样水体中的磷就转移到了积磷菌体内，当水体环境缺氧时，处于压抑状态的积磷菌会将体内的磷重新再释放到水中。人们根据积磷菌的这一特点，在水族箱以外，设置一个厌氧过滤器，在那里积磷菌会将体内的磷释放出来，当积磷菌再次回到水族箱时，由于氧气充足、环境适宜，它们又会将水体中的磷吸到体内，这样往复循环，水族箱中的磷就会逐渐减少。还有一点，厌氧滤器中繁殖有厌氧细菌，厌氧细菌的产物有毒害作用，且有臭味，加之硫化氢和铁盐的作用，使水色变黑，所以应该及时排除和更换厌氧滤器中的沉淀水。厌氧滤器可让积磷菌在这里排磷，也可以进行反硝化作用，进行脱氮反应。

铁化菌广泛存在于自然水域，有的井水呈铁锈色，这就是铁细菌在繁殖的过程中，将二价活性铁氧化成水草不能吸收利用的三价铁的缘故，只要水中含铁量达到0.02毫克/升以上时，铁细菌就可以进行繁殖，铁细菌不但会使水中的铁氧化，而且也能使锰氧化，自来水在生产过程中已经把铁细菌杀死了。