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其实我们将鱼饲养再缸中无论如何，它始终是一缸死水，不可能会如自然中会自行形成一个完整的循环，所以我们须以人工的方式作一个过滤设备，为鱼缸除去一些会对鱼不利的因素，像是亚硝酸盐、氨等。

过滤一般可以分成机械式过滤及化学式过滤二种，机械式就是靠一些特殊滤材，强制的让水流过其表面通过其微小的孔隙强制的将一些大颗粒的杂质滤住，以便我们将其移出缸外，如一般我们常见的滤棉是也。那是不是越细越好或用越多层越好呢？非也，如果多到水很难流过，那过滤效果不就又减少了吗！而化学式的过滤就是利用水中的一些细菌将水中的杂质或废物消化掉，那是什么细菌都可以吗？非也，所以我们挑选了一种叫做硝化细菌的菌种，它能将我们鱼类所排放的氨转成毒性较小的亚硝酸盐，而另一种也属于硝化菌类的一种菌则负责将亚硝酸盐再转成毒性更小的硝酸盐，硝酸盐再由换水的方式移除。像硝化细菌这类的细菌他们在工作时需要消耗氧气所以也较好氧菌还有一类叫做厌氧菌，他们能将硝酸盐转成氮气再排出缸外，如此两组循环构成一完整的化学过滤。

但是一般而言厌氧菌的环境较难在我们的缸中形成，所以我们缸子中的硝酸盐一般都会比较高，但是我们仍可以换水或是以一些特殊的滤材加以降低硝酸盐，那硝化菌如何培养呢？首先你需要供给它适当的环境，只要有氧气、水及废物它就能开始为你工作，而若要大量培养就需要供给较大的表面积，一堆珊瑚砂也可以，若你怕太多滤材或是珊瑚砂过细，水不易流动那你也可以用孔隙大一点的像市面上销售的陶瓷环、生化球、生化棉等都可以，接下来就是播种了，你可以买市售的硝化菌种，或将一两个蛤粒放入缸中任其烂掉，再等几个星期你就可以放入一条小鱼继续提供氨给硝化细菌利用，不过若是你没加入硝化菌种而是放入蛤的话可能需要多一点时间让你缸子的消化系统逐渐成熟。

若一切都没问题你就可以开始正式养鱼了，但千万不要一次将所有喜欢的鱼都买回来养。无论你的过滤怎样只要符合“稳定”即可，至于什么叫做稳定呢，稳定就是要花时间让你的过滤系统逐渐强化成熟，缸中的过滤是与你缸中的生物达成一个平衡的，所以过滤系统才需要慢慢地培养强化，当然像是你如果换水或是有鱼生病而下了药剂还是鱼儿死亡，这些都会直接地降低你原有的过滤力，而导致过滤不平衡，像此时你就要适量的加入一些硝化菌，或减少喂食使缸中产生的代谢物减少，以求达到一定的平衡。