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取自天然水域中的水草，或经过长途运输的水草，先摘掉枯萎茎叶。为防止带入病原微生物和虫卵，应先以清水漂洗，洗净根部污泥，并进行消毒处理。水草的消毒处理方法主要有以下几种：

(1)自来水消毒  自来水通常含有大量的氯元素，对附着在水草上的病原菌具有一定的杀灭效果，但不能杀死抵抗力较强的细菌或夹在水草植物体内的寄生虫、水螺等。

(2)食盐水消毒  将水草浸泡在3％～5％的食盐水溶液中，10秒钟后立即取出，用洁净自来水冲洗干净。严格掌握消毒时间。时间太久，会引起水草组织失水而导致水草腐烂、萎缩甚至死亡；时间不足，达不到杀菌消毒效果。本法的优点是原料来源方便，简单易行，实用有效。

(3)碘伏消毒  将水草浸入20毫克／升的碘伏溶液中消毒10分钟后取出，用自来水冲洗干净。碘伏是强氧化剂，具有较强的杀菌和杀虫力，基本上能杀灭大部分病原菌和寄生虫。但该溶液宜现配现用，不能在阳光直射下使用，也不宜连续使用。

(4)硫酸铜或铜铁合剂消毒  将水草用0.7毫克／升硫酸铜或铜铁合剂(硫酸铜与硫酸亚铁合剂，两者比例为5：2)溶液浸泡10分钟，再用清水洗净。这两种溶液杀菌力强，并具有可以连续利用的优点。

(5)亚甲基蓝消毒  用0.4％亚甲基蓝溶液浸泡10分钟，再用清水洗净。