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水草在购入植入缸中前，大多数属于陆上水型的栽植，因此在购买后，需要作一些处理，才可入缸，而其中最重要的就是消毒工作，以消灭附着水草之枝叶或根部的藻类、病原菌、寄生虫、水蛭、蜗牛、白线虫等。

消毒缸的水温可提高至２８℃（待消毒工作完毕，再慢慢调整至22～24℃），以加速藻类孢仔的孵化，缩短消毒日数。

消毒方法：

A：硫酸铜

消毒液浸10分钟后，在流动的清水中清洗一小时，每日一次，连续三天。硫酸铜30g冲泡10公升水，即为硫酸铜消毒液。使用后可装瓶密封，保存续用。消毒工作时，请戴手套以免毒液进入毛细孔，造成中毒。

B：过氧化氢（双氧水）：

将双氧水以喷雾器喷雾全株(含根部)，喷透至发泡滴水为止，然后再以清水喷雾清洗药水，再浸入流水中十分钟。

C：稀浓度漂白水

浸泡五秒钟后以清水冲洗漂白水，再浸入流水中漂浮片刻。如此反复三次。(本法限有茎水草适用）

D：高锰酸钾

高锰酸钾10g冲泡10公升水，将水草浸入该消毒液中10分钟后取出，并以清水清洗。

E：甲基蓝

甲基蓝5g冲泡10公升水后，水草浸入10钟后取出，彻底的在流动(继续将新水注入)水中漂洗一小时，否则叶片较薄的水草叶片，则会染上浅蓝色的小点。

以上方法不一定全部使用，但最好使用多种方法消毒效果更好。