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饲养过 水族生物或者对水族有所了解的朋友，一定会听过“硝化菌”一词。狭义的“硝化菌”指微生物各项功能中对于硝酸系列的硝化作用，而忽略了其他各项功能的微生物。将纤维素等化合中的水氧基，以硝酸机制换为硝酸酯，而硝化菌就是将阿摩尼亚经由亚硝酸，氧化为硝酸的反应称为硝化作用。

我们知道，水族箱中的水质恶化，大多归咎于投饵过多沉淀腐烂，或鱼只粪便未予吸出换水等，导致浮游生物、有害微生物(含病源体)异常繁殖，以致浮游水中的藻类光合作用及厌氧性细菌繁殖，进而演变成危害缸中鱼虾的氨、亚硝酸、硫化氢等浓度增加。当水质恶化时，不能依赖药物控制抵销，因使用药物反而破坏水缸的生态平衡。

研究显示，水缸中担任分解过滤的微生物，可分为两大类：依赖氧气生存的嗜氧性微生物，与不需氧气的厌氧性微生物。硝化菌属于嗜氧性的微生物，以利用氧气将对鱼虾有害的阿摩尼亚、亚硝酸予以氧化转换为无毒的硝酸盐。而将硝酸盐还原以氮气脱出的氮菌，即属于厌氧性微生物。嗜氧性与厌氧性微生物共同生存于过滤器的滤材内，担任著水缸中生态平衡的重要任务。

EM以生成抗氧化物质进行中繁殖，同时接连不断的分解有机物而不释出人们讨厌的臭气，将物废物分解且形成回归自然的有用元素。其功能与PM相反。生物体所含物质(糖、蛋白质、脂肪等)、残饵、残叶等在水中少部分由生物代谢外，大多数含有毒性的污染物(氨、亚硝酸、硫化氢等)仍依赖有益的、有效的微生物予以分解利用转换为低毒性的硝酸盐，因此，EM可说是水族中的清道夫。