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在 水族箱中使用基肥和根肥大多数是针对水草而言的。简单的说，基肥是开缸或者翻缸时使用的。因为水草缸底沙不含有任何有效元素，尤其是水草生长所需的大量元素，所以开缸之初用基肥作为水草开始生长阶段的营养补充。而根肥则是有选择性的为需肥量比较大的水草如箦藻、红蝴蝶等水草补充养分。两者的使用方法和作用还是有较大的区别。

对于基肥而言，在开缸或者翻缸使用的时候也需要特别注意。因为在这个阶段，由于水族箱中水体的硝化系统受到重创，系统非常脆弱。因此对于水族箱的主人来说，要做到既能够为水草提供成长所需要的足够养分，又需要能够避免养分的过度而增加系统的负担，就是这个阶段需要重点考虑和注意的问题。

针对根肥而言，使用的方式主要是根肥的使用方式是根据水草营养吸收的特点有针对性的进行添加，其使用量、使用时间是主人根据水草特点和需要的时间进行添加，因此这也能够通过人为控制达到为水草提供营养的同时尽量减小不必要的损失的风险。相对来水，人们对根肥的掌控能力也要强，而且可能使用的几率也会更多。