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过滤的目的是尽量减少残渣腐屑等有机物质的积累，减少换水及清洁的次数。过滤器的原理是利用缸水流经滤材时产生的过滤功能。

构造与作用

习惯上按废水处理原理的不同，将水族箱过滤系统分为机械过滤、生物过滤和化学过滤3大类。

机械过滤（物理过滤）是降低水体混浊度的一种水质净化途径。水中微细的无机物质、有机物以及部分活的微生物通过絮凝作用，逐渐凝结成肉眼可见的凝聚体而悬浮或沉积在水中引起水质混浊。这些凝聚物质的大量存在，不仅会降低水体透明度而影响观赏效果，还消耗水中的溶解氧，甚至粘附在鱼鳃上，影响鱼类的正常呼吸活动，危害鱼类的生长。

机械过滤的功能是把大颗粒、大块粘状物等阻挡下来。过滤结构为具有良好透水性、具较密孔隙的过滤材料（如泡棉、羊毛毡、砂石等）。

生物过滤包括很多重要的生化过程，最重要的是给硝化细菌提供一个良好的生长、繁殖温床，让硝化细菌能够迅速地大量生长、繁殖，充分发挥其氧化氨盐和亚硝酸盐的作用。生物过滤器的结构特点是布满了大小不同的孔隙，大孔隙让水顺畅地流过，小孔隙提供了极大的表面积，供消化细菌附着、生长、繁殖。它的整体组织不必很大，使用时可叠加堆放。生化棉、生化球、生化块、塑料丝、陶瓷环、珊瑚砂（海水用）等是组成生化滤器的好材料。

化学过滤（含吸附过滤）是以化学反应方式来消除水中的不稳定物质的方式。这些物质是游离的或以化合物形式存在的。化学反应后无毒的物质沉淀于水族箱过滤系统的底部被物理性滤材除去，或被另外一些无害或毒性较低的元素所替代（置换）。水质稳定剂、pH调整剂、水质沉淀剂及其它一些化学制剂等都是化学滤材。活性炭也是一种化学过滤材料，具有脱色、除臭的功能，但要定期更换。

设计与种类

产生流经滤材水流的方式有2种：利用气泵所产生的水泡带动水箱里的水流经滤材；利用潜水泵或抽水泵将水抽入过滤器中，通过滤材。依过滤器在水族箱上的位置、过滤功能及对象的不同，把观赏鱼养殖中常用的过滤器分为下列几种。