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瑶山鳄蜥是爬行动物中比较古老的一类，体长15—30厘米，尾长23厘米左右，体重50—100克，身体可以分为头部、颈部、躯干部、四肢、尾5个部分。头部较高，头部和体形与蜥蜴相似，颈部以下的部分，特别是侧扁的尾巴，既有棱嵴状的鳞片，又有许多黑色的宽横纹，则又很象扬子鳄，所以被称为瑶山鳄蜥。

瑶山鳄蜥的全身为橄榄褐色，侧面较淡，染有桃红或桔黄色并杂有黑斑，背部至尾巴的端部有暗色的横纹，腹面呈乳白色，其边缘带有粉红色或桔黄色。头部前端较尖，后部为方形，略呈四棱锥形，顶部平坦，平铺着不显著的细鳞，近吻端的鳞片较大，颅顶部的中央有一个明显的乳白色小点，称为颅顶眼。口宽大，内有1个舌，1对内鼻孔，咽部有喉头。颌的边缘密布有同型细齿。舌为肉质，十分肥厚，先端为黑色，呈浅叉状。眼睛大小中等，瞳孔为圆形，孔的周围有金色圆圈，也有活动的上下眼脸和透明的瞬膜。在眼睛的后方，头侧的颈沟前方有明显的鼓膜。

瑶山鳄蜥的头侧部由眼睛辐射出8条深色纹，眼后1条较长，眼下方3条较粗，体侧后端黑纹不规则，腹面浅黄有黑短斑纹。尾部有黑色与棕绿色相间的横纹11—12条，每条约占2节。

瑶山鳄蜥的颈部明显，并且与头部之间有明显的纵沟分开，在颈沟的后背面有数行较大的凸起棱鳞，中间夹有颗粒状的小鳞，颈侧棱鳞半稀，有灰、黄、粉红色，于前肢的上前方颈侧有一个显著的圆形黑斑。背腹略扁，背部鳞较少，只有颗粒状的细小鳞片散布在大的棱状鳞片间，棱峪状鳞片近似纵行于体背排列，并延伸到尾部，行至后肢处则形成规整的两行排列于尾背两侧。体背有6一7条暗黑色的较宽横纹，横纹到达体侧时又分为二，在叉状横纹间为桃红色，红周镶黑。老年个体的靠近腹面的体侧普遍为桃红色、桔黄色，并夹杂着黑色的棱峪状鳞片。

瑶山鳄蜥的尾部侧扁，在尾巴背面的两侧各具纵行排列的大形棱峪状鳞片，中间凹陷似深沟，梭峪状鳞片在尾巴的基部相距较宽，往尾端伸延则逐渐变窄，但并不汇合。尾巴上有明显的分节现象，大约有35节，前13节每节的背侧有1枚棱嵴状鳞片，后20节则每节有2枚。尾侧及腹面共有8条棱线，向尾端延伸。尾部有10—11条暗黑色横纹，全身则有明显的16条宽条纹，躯干上有5条，胸部和腹部的界限不明显，年老的个体的横纹间略为粉红色。

瑶山鳄蜥的四肢较为粗壮，趾端的爪尖细。前肢的上臂较前臂略短，为橄榄褐色，靠体侧一面密布突起的粒状细鳞，颜色为黄白色。指背有小鳞片数行，呈“人”形排列，指长顺序为4、3、2、5、1。后肢的上下两段几乎等长，趾长顺序为1、3、5、2、1。后肢稍后有横裂状的泄殖孔，周围的鳞片呈方形，雄性泄殖腔内有2枚交接囊，雄性和雌性的泄殖腔内均有一对性腺，开口在泄殖腔的外缘，可以分泌特殊气味的液体。

瑶山鳄蜥是我国的特产物种，在地理分布上极为特殊，仅产于广西大瑶山一带的贺县里松乡姑婆山、昭平九龙乡、北陀乡和金秀瑶族自治县的罗香乡的平竹、罗莲、罗丹、罗香、琼伍大队部分冲沟附近，所以又名瑶山瑶山鳄蜥。

瑶山鳄蜥栖居于海拔760米以下的沟谷中，一般都是溪流不大的积水坑。周围怪石嶙峋，灌木丛生，树叶叶缘多为锯齿形，与瑶山鳄蜥尾部的缺刻类似。溪沟阴湿，岩石及树干的色泽也与瑶山鳄蜥的体色类似。这些都为瑶山鳄蜥隐藏其中提供了良好的掩蔽作用。