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日本血吸虫分布于西太平洋地区的中国、日本、菲律宾与印度尼西亚。在中国，血吸虫病分布于长江中下游及其以南地区12个省、市、自治区。台湾有日本血吸虫的动物感染，但未发现人体病例。

一般认为，人类几种主要血吸虫病中，日本血吸虫感染引起的病情最重、防治难度最大。这是因为日本血吸虫动物宿主多；成虫寿命长；感染后的伴随免疫和治愈后的免疫力差；中间宿主钉螺不易控制等。我国血吸虫病流行区，按钉螺的地理分布及流行病学特点，分为平原水网型、山区丘陵型和湖沼型。