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蚂蚁的自然天敌繁多，有哺乳动物、节肢动物。如隐翅虫科的一些甲虫不仅盗食工蚁口中的食物，还凶残地杀死工蚁。

有一种蝶类的幼虫专以取食蚁卵和蚂蚁幼虫为生，在蚁巢中化蛹，直至羽化为成虫翩然而去。我国大兴安岭的 狗熊有冬眠习惯，开春后就地舔食蚂蚁增加营养，增强体质，恢复体力。鸡和其他家禽及动物(如穿山甲)喜食蚂蚁成虫、蚁卵、幼虫和蚁蛹等。主要采用人工防除。蚂蚁受真菌侵害后也会患病死亡。可用灰黄霉素等相应的抗真菌药防治。