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蜥蜴类具交接器，行体内受精。一般在春末夏初进行交配繁殖。有的种类的精子可在雌体内保持活力数年，交配一次后可连续数年产出受精卵。在一部分蜥蜴中只发现雌性个体，据研究，它们是行孤雌繁殖的种类。这类蜥蜴的染色体往往是异倍体。有的正常行两性繁殖的种类，在一定环境条件下会改行孤雌繁殖，据认为，孤雌繁殖有利于全体成员都参与产生后代，有利于迅速扩大种群，占据生存领域。

多数种类蜥蜴系卵生（Oviparous）、一般于夏季产卵于温暖潮湿而隐蔽的地方。卵数由一二杖到十几枚不等。卵的大小与该种个体的大小有一定的关系。壁虎科的卵略近圆形，卵壳钙质较多，壳硬而脆。其他各种蜥蜴的卵多为长椭圆形，壳革质而柔韧。

有的蜥蜴卵在母体输卵管后段（“子宫”）就开始发育，直到产出仔蜥，叫做卵胎生（Ovoviviparous）。石龙子科中不少种类为卵胎生，其余各科蜥蜴多为卵生。同一属中有的种类为卵生，另一些种类则为卵胎生。譬如南蜥属中多线南蜥（Mabuya multifasciata）为卵胎生，多凌南蜥（M．multicarinata）为卵生。又如滑蜥属中两个相近种秦岭滑蜥（Scincella. tsinlingensis）为卵胎生，而康定滑蜥（S．Potanini）却为卵生。我国特产动物鳄蜥（shinisaurus crocosilurus）在当年年底仔蜥就在母体输卵管内发育成熟，但延滞到第二年5月才产生母体外。解剖怀孕后期的鳄蜥，成熟仔蜥已无卵黄，而母体输卵管壁布满微血管网。可能发育后期的仔蜥依靠母体提供营养，应属于少数胎生（Viviparous）蜥蜴之一。

蜥蜴一般每年繁殖一次。但在热带温暖潮湿环境的一些种类，如岛蜥（Emoiatrocostata）、多线南蜥、蝎虎（Platyurus plaryurus）、疣尾蜥虎（Hemidactylus frenatus）与截趾虎（Gehyra mutilata）等则终年都可繁殖。