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首先我们应该明白硝化系统对pH的影响是客观存在的。而硝化细菌是硝化作用的主要执行力。硝化作用能将氨分两阶段最终转化为硝酸。但是含氮化合物是否能有效转化为硝酸，还是仅转化为氨，主要取决于硝化细菌是否存在。

由于氨化细菌无所不在，不仅可以在水族箱中自生，而且繁殖的速度也是相当的快，所以不需要我们特别去处理，即能自动进行氨化作用。反而观硝化细菌就显得有些不同，虽然它也可以在水族缸自生，但是繁殖速度却极为缓慢，同时必须要有适当的环境，才能慢慢地繁殖出足够的数量，并藉以进行有效率的硝化作用。

健全的硝化系统系由足够数量的硝化细菌，以及执行硝化作用的适当条件建构而成。主要的作用条件，包括合适的温度20-30度及pH7.5-8.2、足够的溶氧，至少2ppm以上及不受有机污染且可供的硝化细菌附着的的作用表面如生物滤材等。

健全的硝化系统则是能繁殖出足够数量的硝化细菌，及时把来自氨化作用所生产的氨氧化掉。虽然在硝化作用过程中所产生的硝酸，量多时，可能因pH降低而抑制硝化作用之进行，可是不断由氨化作用所生产的氨，又把酸度给中和掉，让硝化作用又可恢复而能持续进行。因此，最后的演变总是：所有的氨都可能被硝化细菌氧化为硝酸，使水质变酸，但通常又被限制于酸度不低于pH6.0的弱酸性状态之下。