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臭氧可由氧在紫外线（1000～2000埃）照射下产生，或经过高压放电激发产生。之所以可以杀死水中的微生物，主要是在于臭氧可以作为原生质的还原剂，使其细胞受到强烈的氧化作用而死亡。正是基于这种特性，臭氧在水族业中也被运用于消灭水中的细菌。

但是，如果水中溶解性有机物质、粒状有机物质以及水中溶解离子的种类与浓度过高，则都会影响到臭氧的杀菌效果。同时，臭氧也会与水中的离子反应而影响杀菌效果。例如：如果水体环境中有施放肥料，则水中常含有Fe2+离子，但Fe2+会与臭氧相互作用，使得铁离子被氧化而沉淀，以致影响生物对肥料的吸收而导致生长生理影响。再者，在臭氧的制造过程中，如果原料氧气中含有没有被清除的氮气，氮气可能改变氮的化合物混入臭氧中，其中以NO2最为严重，因为它在水中溶解后可能形成亚硝酸，难免对水体环境中生存的水族生物造成一定的破坏影响。

而水族专用的紫外线杀菌灯（UV）一般是利用波长1900～3000埃所产生的光来进行消毒（其中以波长在2600埃时的杀菌效果最好），其杀菌原理是使微生物细胞中的DNA不活泼，从而使其细胞死亡或丧失活动的能力。

紫外线杀菌的能力与它在水中的穿透能力有关，只要水质清澈，不会引起浊度的悬浮物，紫外线的杀菌效果就不会受到影响。而紫外线杀菌灯的照射方式有两种，分别是悬挂式和浸水式，而目前基本采用的都是浸水式，由于水与灯管的直接接触而使得杀菌效果更佳。

所以，在水族用途中，如果以杀菌为目的，使用紫外线杀菌灯要比使用臭氧机获取臭氧来杀菌有效而且安全得多。