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１、土著微生物

土著微生物是在当时当地水源水域中土生土长的微生物，在水中或固着在生物包的填料上，形成生物膜，是在自然状态下形成的。

传统的生物包不是利用人工培育的微生物，而是对自然生长的微生物群体加以驯化，自然选择繁殖利用。这类微生物包括细菌、真菌、藻类、原生动物和相应的分解污染物的酶体系。  

２、外来微生物

在自然界中，能有效降解水体中碳、氮、磷、硫系污染物的高效菌株生长在土壤中，因为那里有它们所需要的N、P、K及其它必需的营养元素。而在自然界的海、淡水中原来未受污染，缺乏这些营养元素，就很少有这些细菌生长。对水体来说，它们都是外来菌。如氨化细菌、硝化细菌、反硝化细菌、固氮菌和纤维素分解菌，大多是好氧和兼性厌氧菌。这类微生物已广泛应用于水族馆、工业化育苗工厂、豪华型水族箱，但产品良莠不一，应该选用ISO国际质量标准认可的产品。一旦它们成为人造水体的当家菌和物质循环的主要微生物，就能使人造水体维持生态平衡，养鱼就可以终年不换水，不用药。

净水外来菌主要是芽孢杆菌，在好氧厌氧条件下均能生存。它们绝大部分都是对动植物无害的腐生菌。它们具有强烈的分解碳系、磷系、硫系污染物，分解蛋白质和复杂多糖的能力，对水溶性有机物分解也起着重要的作用。由于它的特性与功能优于光合细菌而成为光合细菌的替代产品。国外许多生物工程企业将它从土壤中分离出来，引入水体中，成为目前国际净水界的新宠。

３、基因工程菌

运用生物工程技术，采用细胞融合、基因重组技术等遗传工程手段，可以将某种降解污染能力强的微生物的降解基因，转入繁殖能力强，适应性好的受体微生物中，构建出高效的具有广谱降解能力的基因工程菌。例如，现在已有在0℃下也有降解活力的微生物，人们可以定向培养、定向构造特定功能的“超级工程微生物”，这比生物包接种纯自然外来微生物更有成效，这种工程菌一方面科技含量高，成本高，最适宜应用于海洋馆或大型水族馆，却并不适用于家庭水族箱。