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一、骨骼

相较于猫的骨骼占全身重量百分的十二至十三，兔子的骨骼是较为纤弱的，仅占全部体重的百分之七到八。骨折─尤其是胫骨骨折，经常是一个潜在的问题。兔子有一对强而有力的后脚，可以猛烈的力量向后踢去。如果抓起兔子时没有将兔子适当的保定住，牠们向后踢的动作往往造成脊椎骨破裂(几乎总是发生在第七腰椎)，并导致脊髓的损伤。因此，对兔子适当的保定是预防兔子及管理者受伤的基本要素。
兔子的肩胛骨棘下窝呈锐利的三角形，肩峰的上膊突呈倒勾状。兔子的髀臼是由肠骨、坐骨亦即一小型附属骨─髀臼骨所组成，而不包括耻骨在内。而在其它动物身上，髀臼的组成却是由肠骨、坐骨加上耻骨而成。

股骨的转子窝是骨内输液常使用的所在，可以经由触摸大转子的突起而轻易的找到它的位置。

兔子的身体外观及耳朵大小在不同品种间有极大的差异，因此有相当多的名词被用来形容各种兔子不同的体型及耳朵的垂下。侏儒兔的体型小而矮胖，有如鹅卵石一般，故被形容为"cobby"；比利时兔瘦长的身躯常被称为"racy"﹔大型巨兔则因为高而弯曲的背脊线经常超过牠的下半身，而被形容如同"曼陀琳"一般。大部份兔子的耳朵不论长短都是朝上，但是有些品种的耳朵则是向下，有这种耳朵的兔子被成为"lops"。

二、消化系统

口腔：

兔子的嘴巴开口极小，而在上唇部份有一道鸿沟区分左右，并向上弯与鼻翼相接，这也是「兔唇」这一名称的由来。兔子的牙齿呈弯曲形，不论门齿或臼齿皆会持续的生长。如果牙齿的接合不良，那它们的磨损就会不均匀，导致咬合不正的问题发生，像是食物不易摄入或是厌食的现象。
下巴的肌肉向前及向后延伸，造成一种较大的口腔虚像，但事实上却不然。下颚能够自由的向前、向后及上下垂直活动，但向左右的活动则受到限制，这是因为形成颞颚关节的关节突是呈纵向延伸的。

在兔子身上使用气体麻醉时，在气管内插管过程中较困难，这是因为兔子的嘴巴过小、臼齿与舌头相对较大，以及口腔较深的缘故。下巴肌肉的放松是麻醉达到效果的象征。如果在插管过程中不留意，很容易造成兔子口腔及呼吸道的伤害，必须小心。

腹腔：

兔子的腹腔蛮大的。牠的胃肠道相对较长，其内容物可占兔子全身重量的百分之十到二十。这一点是当使用静脉内注射麻醉药物时计算剂量的重要考虑之一。在腹腔中最大的两个器官分别是胃及盲肠。

胃：

胃是一个储存大部份已消化食物的所在，但是未消化的饲料以及粪团往往也可在胃中发现。兔子的胃壁非常薄，常常在尸解中被发现已经破裂，这是因为死后细胞分解造成气体快速膨胀所致。然而，牠的贲门及幽门部发展的极为良好。由于贲门部及胃的解剖学上位置排列的关系，兔子是无法呕吐的。幽门部到十二指肠之间呈现极剧烈的角度转变，并常受到十二指肠的压迫。当胃部膨胀时，或当毛球、气体、肝肿大压迫到胃时，都会导致幽门部的收缩，而阻止胃内容物的排出。

小肠：

十二指肠及空肠拥有较小的空腔。在回肠的末端近盲肠处则膨大形成圆小囊(sacculus rotundus)的结构。这是一个由大量的淋巴滤泡所组成的蜂窝状结构，有时亦被称为回盲肠间的扁桃腺(ileocecal tonsil)。这也是食入异物最容易阻塞的地方。

大肠：

兔子有一个大型、薄壁的螺旋形盲肠。它终止于一个厚壁、苍白、蠕虫状的阑尾；如同圆小囊一般，阑尾也是一个具有丰富淋巴组织的结构。盲肠是兔子腹腔中最大且最突出的器官。它沿着腹壁内侧螺旋状伸展，在腹腔中约折了三折。一般而言，盲肠内容物呈现半液体状。结肠的特征为连续的囊状以及纵带的出现。它是起自称为大肠瓶(ampulla coli)的盲肠段。在近端结肠与远程结肠之间被肠钮(fusus coli)所隔开。这是一段较为厚实的结肠，聚集着大量的神经节细胞，负责肠管收缩步调的调整，已达到掌控两种粪便排出的目的。