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小草龟雄龟的尾巴比较细长，基部较粗。泄殖腔离腹甲底部较远。雌草龟的泄殖腔和腹甲底部间的距离比较近。这种方法鉴别雌雄比较精确,但用来鉴定幼龟时，会有失误，因为幼龟发育不完全，之间的差别还不明显。

其他雌雄间体型的差别：雄草龟的腹甲上会有轻微的凹痕，母龟则是平坦的。雄草龟随着年龄的增长。身上的颜色越变越深，大部分雄草龟成年后颈部的斑纹会消失，全身变成墨黑色。这也是草龟被叫做“乌龟“的原因。母草龟的体色一般终生不变，体型也比同年纪的雄龟稍大。